Những file/thư mục ẩn đó không phải do virus tạo ra, mà là do hệ điều hành tạo ra và bạn không thể xóa chúng đi được. Nếu bạn đã empty thùng rác rồi mà các thư mục Recycle bin vẫn còn một dung lượng đáng kể thì bạn vào trên trong thư mục đó, xóa các thư mục/file mà bạn có thể xóa được. Lý do điều này xảy ra là vì bạn cài lại Windows đè lên phần cài đặt cũ và đã quên không empty thùng rác trước khi cài đặt. Điều này cũng xảy ra tương tự với thư mục System Volume Information là thư mục của chức năng System restore.
Nói tóm lại, rất có thể máy của bạn không sao đâu. Việc bạn biết là bạn bị nhiễm virus đã có nghĩa là phần mềm diệt virus của bạn đã chạy tốt (và rất có thể là xử lý con virus đó rồi). Thường thì virus không tự cho bạn biết khi nó nhiễm vào máy. Nếu máy chạy không ổn định, bạn nên nhờ ai đó xem hộ. Đừng quá băn khoăn về các thư mục ẩn kia.