Trong vòng 12-24 giờ sau đẻ, ống tiêu hóa của trẻ sơ sinh hoàn toàn vô khuẩn. Nhưng về sau do tiếp xúc với môi trường xung quanh, do điều kiện ăn uống, các vi khuẩn bên ngoài sẽ xâm nhập qua mồm, mũi, họng, trực tràng và hình thành một hệ thống vi khuẩn trong ống tiêu hóa gọi là vi khuẩn chí đường ruột.
Trong điều kiện bình thường, ở dạ dày và hỗng tràng hầu như không có vi khuẩn vì môi trường không thích hợp (do dịch vị có tính sát khuẩn). Từ phần hồi tràng, vi khuẩn dần phát triển, đến phần manh tràng và đại tràng lên xuất hiện chủ yếu các loại vi khuẩn gọi là các khuẩn lên men chua. Ở phần cuối ruột kết, từ đại tràng trái trở xuống là nhóm các vi khuẩn tiết ra các men có tác dụng lên sự chuyển hóa cuối cùng của protid. Trong điều kiện bình thường, hệ vi khuẩn nói trên luôn luôn có thế cân bằng. Khi thế cân bằng đó bị đảo lộn thì xuất hiện hiện tượng loạn khuẩn. Những hiện tượng gây nên loạn khuẩn phổ biến thường do uống kháng sinh không đúng chỉ định và kéo dài, mắc các bệnh nhiễm khuẩn ở ống tiêu hóa, chế độ dinh dưỡng không thích hợp...
Trường hợp con trai chị bị tiêu chảy có 2 khả năng: do nuốt đờm có chứa vi khuẩn từ đường hô hấp và do dùng kháng sinh nhiều để điều trị viêm đường hô hấp đã gây loạn khuẩn đường ruột. Vì vậy trong trường hợp buộc phải dùng kháng sinh có thể thay thuốc uống bằng thuốc tiêm, hoặc nếu đã ngừng kháng sinh mà vẫn tiêu chảy thì bác sĩ sẽ kê đơn sử dụng thêm các loại men vi sinh giúp cân bằng vi khuẩn chí đường ruột. Để phòng bệnh cần chú ý vệ sinh ăn uống và chỉ sử dụng kháng sinh khi có chỉ định của thầy thuốc.