Thông thường thì giá trị của chỉ tiêu 4 và chỉ tiêu 5 bằng nhau. Nhưng không phải thuế GTGT đầu vào nào cũng được khấu trừ (trường hợp đơn vị có sản xuất mặt hàng không chịu thuế GTGT), cho nên có một số trường hợp chỉ tiêu 4 và chỉ tiêu 5 có giá trị khác nhau. Vì vây, doanh nghiệp phải ghi đầy đủ các chỉ tiêu theo mẫu thống nhất, chỉ tiêu nào không phát sinh thì vẫn phải ghi rõ số 0 (số không), và không được để trống bất kỳ chỉ tiêu nào. Nếu chỉ tiêu 5 được để trống, xem như doanh nghiệp tự xác định không có số khấu trừ thuế đầu vào; và số thuế GTGT phát sinh phải nộp trong kỳ sẽ bằng chỉ tiêu 2 (thuế GTGT HHDV bán ra) trừ cho chỉ tiêu 5 (số 0).
Chỉ tiêu 6 = Chỉ tiêu 2 - chỉ tiêu 5